現在37歳の水本は、2004年に三重高等学校からジェフユナイテッド市原・千葉に加入してプロデビュー。オシムチルドレンの一人として千葉で主力に定着し、2006年にはイビチャ・オシム監督が就任した日本代表に選ばれた。
その後はガンバ大阪や京都サンガF.C.、サンフレッチェ広島などで活躍。2019年からは松本山雅FCやFC町田ゼルビアでプレーし、昨季はSC相模原で22試合に出場していた。 通算では、J1で416試合、J2は65試合、J3は22試合に出場している。
今回、現役引退を決断した水本は公式HPで以下のようにコメントしている。
「2022シーズンをもって引退することを決断しました。1993年のJリーグ開幕をTVで見てサッカーを始めてから30年経ちました。高校を卒業して19年間プロ選手として闘い続けてこられたのは応援してくださったファン、サポーターの皆様、切磋琢磨したチームメイト、たくさんのことを学ばせてくださった監督、コーチ、素晴らしい環境を整えてくれたクラブスタッフのおかげだと感謝しております。 ありがとうございました。
2011年に頭蓋骨骨折という生死に関わる怪我をしたとき当時8ヶ月だった長女を抱きながらサッカーを諦めようと考えたこともあります。 2022年に顎を骨折したときは医師からすぐに引退した方がいいと伝えられました。 それでもサッカーへの情熱とたくさんの方の支えのおかげで再びピッチに戻ってこられました。 感謝の思いはどれだけ言葉を重ねても言い尽くせないほどです。
遠征で家を空けることも多く次女には人見知りされたこともあります。 練習後に身体をケアするため公園で遊びたい子ども達を連れていくのはいつも妻でした。 24時間サッカー中心の生活に付き添ってくれた妻と学校行事にほとんど参加出来ず寂しい思いをさせてばかりだった2人の娘には本当に感謝しております。これからはサッカーを愛するものの1人として指導者の道にチャレンジしたいと思います。今まで本当にありがとうございました」
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