藤本は、桐光学園高校から筑波大学へと進学し、2006年に清水エスパルスでプロキャリアをスタート。大卒ルーキーながら背番号10を託され、28試合8得点4アシストと活躍し、Jリーグ新人王も獲得した。清水での5シーズン目となった2010シーズンには、13得点というキャリアハイをマークし、自身初のJリーグベストイレブンに選出された。
その後は名古屋グランパス、横浜F・マリノス、ガンバ大阪とJ1クラブを渡り歩き、J1通算328試合54得点を記録。2019年シーズン途中には当時J2にいた京都サンガF.C.、2020シーズンにはJ3の相模原へと移籍し、現役生活を続けてきたが、今季終了後には3シーズンを過ごした相模原との契約満了を発表していた。
またプロ2年目の2007年には、日本代表に初選出され、キリンチャレンジカップ2007のペルー戦で代表デビュー。国際Aマッチでは、13試合1得点という結果を残している。
38歳で17年間の現役生活に終止符を打った藤本は、所属するマネジメント会社の公式サイトで以下のようにコメントしている。
「私、藤本淳吾はこの度引退する事を決意いたしました。思い返せば、物心がついた時にはもうサッカーをしており、プロになってからは17年が経ちました。
名古屋グランパスに在籍していた時に応援してくれていた小学生のサポーターが、成長して免許を取り、今年はお母さんを乗せてSC相模原の試合へ応援に来てくれました。その出来事はとても嬉しく、また、17年の長さと短さを実感しました。 プロ2年目の時に生まれた長男はもう高校生になります。あと3年待てば、もしかしたら一緒に試合ができるのではという期待もありました。
ですが、「あと3年足りなかった」ではなく、「17年ものあいだ、プロサッカー選手として多くの子供達に影響を与えられたのではないか」と考えるようにしたいと思います。 良い時もあり、同じように挫折や苦悩の時もありましたが、本当に多くの方々の支えがあったからこそ、ここまで走り続けることが出来ました。多くの声援を送って頂き、本当にありがとうございました。」
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